フン害も軽視できない。琵琶湖の観光地・竹生（ちくぶ）島では一時、カワウに木の枝を折られた上、土壌を酸性化させるカワウのフンによって大半の樹木が枯れた。
１羽５千円買い取り
カワウ被害が全国で問題になったことから、環境省は１９年、カワウを鳥獣保護法に基づく狩猟鳥に指定、特別な許可がなくても捕獲できるようにした。駆除したカワウを１羽あたり５千円で買い取っている漁協もある。さらに同省は２６年、「被害を与えるカワウの個体数を２０２３（令和５）年度までに半減させる」との目標を設定した。
県境を越えて広範囲に移動する習性上、対策には自治体間の連携が必要になる。滋賀県や大阪府など８府県と政令市で構成する関西広域連合は２３年度から、個体数調査や効果的な対策の情報共有を図っている。
同連合自然環境保全課の間野智也主査は「大規模な捕獲で総数が減り、被害が少なくなってきたという漁協も多い」と手応えを口にし、「分散しているねぐらの位置を把握し、対処すれば５年後に半減させる目標達成は可能。人間とカワウが共生できるような環境にしたい」としている。
