時代が明治から大正へと変わる頃、千歳と万太郎の助手、山元虎鉄(濱田龍臣)が結婚。万太郎と寿恵子は2人の幸せを心から祝福した。万太郎は、千歳がここまで健やかに生きてくれたことに感謝。千歳が生まれた時を振り返り、ただ生きてくれることだけを願いながら、「千歳と名付けるだけで精いっぱいだった」と話した。千歳はそれが一番の贈り物だと述べ、「名付けてくれてありがとう」と伝えた。
第123話で、大正12年9月1日、万太郎の図鑑はついに完成しようとしていた。万太郎は、支援者の永守がいる神戸に旅立つ準備を、寿恵子と千歳は、いつものように昼食の準備をしていた。
その時、関東大震災が発生。火災も起き、各地で甚大な被害が出る。大畑印刷所で働く虎鉄は、工場主の大畑義平(奥田瑛二)とともに消火活動にとりくむ。万太郎と末娘の千鶴(本田望結)たちは持てるだけの標本をもって渋谷へと避難する。