牛・豚肉、乳製品は農林水産省の分析でもＴＰＰによる影響が大きいと懸念が示された。関税引き下げによる安い外国産の流入に対し、生産現場では強い不安感が広がっている。このため対策では、収入が生産費を下回った場合に赤字を補填する畜産農家の支援策を法制化する方針を掲げた。
現在は毎年度の予算措置で対応しており、法律に基づく制度ではない。このため新法を作るなどして確実に実施できるようにする。また、補填割合を赤字の８割から９割に引き上げる。
養豚事業は赤字補填の原資となる積立金を、国と生産者が折半して負担している現状から国が４分の３を拠出する形に見直す。
また、乳製品では飲用に比べ価格が安いバターや脱脂粉乳など加工品向け生乳の生産者を支援するための補給金制度の対象に、生クリームなどの液状乳製品を追加することも求めた。